Pendidikan adalah proses menuju kesempurnaan yang tidak ada batasnya, dan upaya untuk merealisasikan asma Allah dalam diri manusia. Pendidik dan yang di didik adalah mitra dalam kafilah ruhani yang sedang menempuh perjalanan di sahara yang tidak berujung. Di sisi lain, pendidikan, khususnya pendidikan tinggi adalah lembaga penyelenggaraan dan pengembangan ilmu pengetahuan, budaya dan teknologi, serta wahana mencerdaskan kehidupan bangsa.

Pada masa-masa ketika kemajuan peradaban manusia membawa bersamanya berbagai problema besar seperti sekarang ini, pendidikan iranya tak dapat dibatasi pada sekedar penyampaian ilmu-ilmu dan keterampilan-keterampilan praktis (know-how) belaka, malainkan juga pengetahuan-pengetahuan dan keterampilan-keterampilan hidup (know-why), termasuk di dalamnya keterampilan sosial, moral, dan spiritual.

Dalam kerangka ini, Sekolah Tinggi Agama Islam Madinatul Ilmi didirikan untuk mengemban tugas dan fungsi perguruan tinggi dalam upaya mencerdaskan kehidupan bangsa, khususnya dalam bidang pendidikan tinggi. Misi Sekolah Tinggi Agama Islam Madinatul Ilmi adalah melahirkan sarjana-sarjana tercerahkan yang dapat menjadi motor penggerak proses pemberdayaan sumberdaya insani masyarakat dalam rangka mewujudkan masyarakat madani yang berakhlaqul karimah.

Adapun tujuannya adalah menjadikan peserta didik anggota masyarakat yang memiliki kemampuan, kecakapan dan keterampilan dalam pengembangan dan penyebarluasan ilmu-ilmu serta pengupayaan penerapannya bagi kehidupan masyarakat, bangsa dan Negara. Secara lebih khusus, pendidikan di Sekolah Tinggi Agama Islam Madinatul Ilmi ditujukan untuk menghasilkan sarjana-sarjana Muslim tercerahkan yang, selain kompeten di bidangnya, faham (knowledgeable) mengenai ajaran Islam dan bertingkah-laku sesuai dengannya, sekaligus mampu memandang dan memecahkan persoalan hidup dari sudut-pandang Islam. Kelak, Sekolah Tinggi Agama Islam Madinatul Ilmi akan diproyeksikan menjadi sebuah Universitas Pusat Keunggulan (Center for Excellent) yang menyeimbangkan berbagai disiplin ilmu, baik agama maupun umum.