STAIMI didirikan oleh sekelompok pendidik dan profesional Muslim yang memiliki concern besar terhadap penyediaan akses kepada pendidikan berkualitas bagi lulusan SMA dari keluarga Muslim dan lainnya, khususnya yang berminat mendalami ilmu-ilmu keislaman. Para pemrakarsa dan pendiri STAIMI adalah warga Muslim Indonesia yang bermodalkan idealisme, tanpa terikat pada kelompok politik atau mazhab keagamaan apa pun. Dengan demikian, STAIMI terbuka bagi calon mahasiswa dari asal mana pun dan apa pun, yang berminat bergabung di dalamnya.

Meski memiliki keterbatasan yang cukup besar dalam hal pendanaan awal, STAIMI bisa bertahan dan berkembang berkat kerja keras para pendirinya, dengan didukung para dermawan dari berbagai kalangan. Di masa depan, dengan dukungan manajemen yang profesional dan pendidik-pendidik berkualitas, diharapkan STAIMI dapat tumbuh menjadi sebuah lembaga pendidikan yang sustainable secara finansial.

Secara legal, perintisan STAIMI berlangsung di Kota Administrasi Depok Jawa Barat pada 1 Agustus 1997, dengan Notaris Ny. Taruningrum S. Kabul SH, Nomor 4, tanggal 4 Januari 1997. Kemudian akta notaris diperbaiki oleh Arsan Effendy, SH, Nomor 1 tanggal 2 September 2003, yang disahkan oleh SK Menteri Hukum dan Perundang-undangan Republik Indonesia No. C-523 HT.03.01-Th. 2000 tanggal 30 Juni 2000.

Semula, dari tahun 1997 hingga 1999, STAIMI berkedudukan di Jl. Margonda Raya No. 224 Depok, dan sejak 2000 hingga saat ini telah menempati lokasi kampus sendiri di atas area tanah seluas 18.149 m2, di Jln. Pakis (Kampus) Rangkapan Jaya Baru, Pancoran Mas, Depok. Aset infrastrutur STAIMI terdiri dari 1 gedung rektorat, 3 gedung kelas, 2 gedung asrama tingkat, 1 gedung perpustakaan, 1 gedung masjid, 1 unit rumah pembina asrama, selain ruang terbuka hijau yang cukup luas.